黄山生态系统稳定平衡，植物群落完整而垂直分布，保存有高山沼泽和高山草甸各一处，是绿色植物荟萃之地，素有“华东植物宝库”和“天然植物园”之称。景区森林覆盖率为84.7％，植被覆盖率达93.0％，有高等植物222科827属1805种，有黄山松、黄山杜鹃、天女花、木莲、红豆杉、南方铁杉等珍稀植物，首次在黄山发现或以黄山命名的植物有28种。
黄山是动物栖息和繁衍的理想场所，有鱼类24种、两栖类21种、爬行类48种、鸟类176种、兽类54种。主要有红嘴相思鸟、棕噪鹛、白鹇、短尾猴、梅花鹿、野山羊、黑麂、苏门羚、云豹等珍禽异兽。
